Desde el gobierno de Túpac Yupanqui, existió una élite de soldados especializados en el cuidado del Sapa Inca durante los paseos, viajes o conquistas. Estos eran principalmente tropas de origen cusqueño, aunque con el tiempo también se incluyó a soldados destacados de otras etnias, como los Kollaguas que procedían de los actuales territorios de Arequipa. Esta guardia imperial llegó a tener unos 10.000 miembros que acompañaban siempre al emperador, todos ellos de origen noble.
Templo de las Vírgenes del Sol
Todo soldado inca debía tener entre 25 y 50 años. Todos los súbditos del imperio, o runas, hacían el servicio militar o trabajos para el Estado. En el caso de los nobles, éste era un honor y un deber; en caso de los plebeyos era un medio de ascensión social. Se elegía a uno de cada 50 hombres para el servicio militar (de preferencia hombres jóvenes), sobre los 25 años (esa era la edad en que según los incas se cumplía mayoría de edad). Según el concepto de dualidad también se mandaba a una de cada 50 mujeres jóvenes a servir en un Templo de las Vírgenes del Sol de por vida.
Los soldados incas de alto rango eran elegidos mediante la celebración del Warachikuy, fiesta en la cual se hacían diversas pruebas de destreza física como velocidad, puntería, combates simulados, y resistencia al sueño (Victor Angles Vargas, Historia del Cusco incaico, pág. 265 cuenta que algunos incas lograban superar una semana sin dormir).
Cuando se cumplía cierto período (generalmente 6 a 7 años) el soldado quedaba relevado, pero los oficiales profesionales eran soldados permanentes y pagados. Los militares tuvieron muchos privilegios. El estado les alimentaba, les daba casa, ropa y muchos regalos de coca, joyas y esposas.
Los runas de la costa, a diferencia de los de la sierra, estaban libres de servir, posiblemente por que no podían soportar las condiciones climáticas de los Andes donde solían ejecutarse las batallas.
Los ejércitos incas se caracterizaban por ser disciplinados y bien organizados, sus tropas solían estar en silencio y sólo al momento de atacar gritaban o cantaban, acompañados de instrumentos de música con el fin de asustar al enemigo. Además el ejército marchaba acompañado por un alto número de mujeres, a veces familiares de los soldados, quienes se encargaban de cocinar, vestir, encargarse de los heridos y enterrar a los muertos (esto era algo común en la zona centro andina precolombina). Los ejércitos incas, por motivos religiosos, no luchaban de noche. Los sacerdotes viajaban con el ejército; su función era rezar, hacer sacrificios y tratar de debilitar al enemigo mediante prácticas.
Los soldados que se distinguían en la lucha demostrando su valentía recibían recompensas. Los soldados comunes eran premiados con objetos de metal, medallas o vestidos.
Una vez que la batalla había terminado, los jefes enemigos derrotados sólo eran ejecutados si rehusaban aceptar la soberanía de los incas estos se hacian con los cuchillos de cobre que manejaban los soldados Incas . Algunos, particularmente los más aguerridos y rebeldes, eran sacrificados, pero en su mayoría, los pueblos conquistados pasaban a formar parte del imperio.
Los pueblos conquistados debían hablar la lengua de los incas, adorar a sus dioses y, en suma, vivir como ellos. Los funcionarios incas hacían un cuidadoso estudio de toda la zona conquistada.
